Dentro de la zona se encuentran especies de aves, mamíferos y reptiles categorizadas como especies amenazadas que tiene poblaciones residentes dentro del RVSCN. La diversidad de especies es muy alta y posee algunas especies que pueden denominarse claves para un ecosistema pues ejercen papeles fundamentales dentro de la vida del mismo.

1. Peces
La dinámica del sistema hídrico interviene directamente en la abundancia y distribución de especies de peces de la zona. Dentro del RNVSCN se encuentran al menos 11 familias de peces con 24 especies donde la familia cichlidae es la que predomina en cuanto a numero de especies. Algunas de las especies del la zona son: Cichlasoma rostratum, poecillia gillii, Astyanax fasciatus, Cichlasoma centrarchus, Oreochromis aureus, Tarpon atlanticus, Atractosteus tropicus, Cichlasoma citrinellum, Cichlasoma managüense, Cichlasoma certrarchus y Oreochromis niloticus (UICN y otros 1998).
Solamente tres especies han sido objeto de estudios parciales sobre su biologías dentro del RNVSCN: Atractosteus tropicus, Cichlasoma managüense, Cichlasoma rostratum (UICN y otros 1998).

2. Aves
Este grupo es considerado de los más importantes a proteger, pues es uno de los más diversos, está constituido por 307 especies de las cuales 101 son especies migratorias. Entre las más llamativas se pueden citar: cormorán (Phalacrocorax olivaceus), martín pescador (Ceryle torcuata), pato aguja (Anhinga anhinga), garza tigre colorado (trigrisoma lineatum) y el pico cuchara (Cochlearius cochlearius). Algunas especies migratorias reportadas para la zona son: galán sin ventura (Jabiru mycteria), cigueñón (Mycteria americana), espátula rosada (Platalea ajaja), pato azul (Anas discors y Anas banamei), entre otros (UICN y otros 1998).

3. Mamíferos
En la zona no se han realizado estudios sobre dinámica y composición de las especies que habitan. Pero se han reportado al menos 160 especies para el RNVSCN. Dentro de las especies sobresalientes reportadas estan: los monos congo (Alouatta palliata), carablanca (Cebus capucinus), y araña (Ateles geoffroyi); saíno (Pecari tajacu), danta (Tapirus bairdii), entre otros.

En la zona se ha reportado rastros y/o avistamientos de varias especies de felinos de nuestro país. Estos animales pueden utilizar estas zonas de estancia permanente o paso ya que tienen las características ecológicas que requieren estas especies.

4. Reptiles y anfibios
No se han hecho inventarios de reptiles y anfibios dentro de la zona, las especie más estudiadas son la tortuga resbaladora (Trachemys scripta) y el caimán (Caiman crocodilus) de las cuales se han hecho estudios parciales sobre la biología y ecología de esta especie dentro del RNVSCN, pero no hay datos actualizados sobre el estado poblacional de las mismas.