La vegetación ribereña esta principalmente compuesta por especies que requieren un suministro de humedad y luz. Los árboles presentan copas muy abiertas y muchas ramas. Las especies de árboles más comunes son sotacaballo (Phithecellobium longifolium), la ceiba (Ceiba pentandra), el roble de sàbana (Tabeuia rosea), sarangundí (Senna reticulata), bala de cañón (Couroupita nicaraguensis), guácimo colorado (Luehea seemannii) y el cedro amargo (Carapa guianensis). Algunas especies de bejucos (Uncaria tomentosa, Macfaydea uncata y Macheaerium seemannii) (UICN y otros 1998).

Las especies de flora riberina tiene una importancia fundamental en el ecosistema del humedal, ya que proporciona protección a las orillas de los cuerpos de agua, evitando la erosión y protegiendo y proporcionado alimentación a la fauna (UICN y otros 1998).

Las especies de vegetación palustrina tiene predominio de ciertas especies como los catívales (Priooria copaifera), marillales (Calophyllum brasiliense), los yolillales (Raphia taedigera). Otras especies son caobilla (Carapa guianensis), cerillo (Symphonia globulifera), poponjoche (Pachira acuatica), sangrilla (Pterocarpus officinalis), guácimo colorado (Luehea seemannii) y danto (Sacoglottis trichogyna) (UICN y otros 1998).

En las zonas altas que no se ven afectadas por las inundaciones de la época lluviosa presenta gran diversidad de especies entre las que están el corteza amarillo (Tabeuia ochracea), poró (Eritrina fusca), guaba (Inga sp.), pilón (Hyeronima alchorneoides), guayacán (Tabeuia guayacan), botarrama (Vochysia ferruginea), entre otros.