El Refugio de Vida Silvestre Caño Negro es una área de 9.969 hectáreas con características de humedales, de tipo administración mixta, localizado en la máxima depresión de la cuenca baja del Río Frío. Esta área "simbólica" es de gran importancia ecológica, económica y social de Costa Rica. Utilizo el termino simbólico entre comillas, por el echo de que las áreas alrededor del refugio por miles de hectareas tienen características similarea, pero no cuentan con el sistema lagunar característico del refugio.

Es un humedal, el cual incluye sistemas lagunares, ríos, bosques de inundación, yolillales, marillales, pantanos, zonas de inundación estaciónal. Es un ambiente característico de la zona norte y zona fronteriza con Nicaragua. Pero la prerogativa principal de Caño Negro, una de las razones de su creación, es la de contar con la laguna natural más grande de la zona norte: 900 ha. , y un sistema laguna que se extiende en todo el refugio.

En cuanto a riqueza y diversidad biológica "...el reporte de especies del Refugio Nacional de Vida Silvestre de Caño Negro, indica: 307 especies de aves, 78 especies de mamíferos, y 96 especies de herpetofauna, complementariamente con más de 300 especies de plantas entre árboles y arbustos, agrupados en 73 familias. Sin embargo, un estudio de la Organización de Estudios Tropicales (OET, 1988) indica 1016 especies de plantas y 5000 especies de animales.

Para la Organización de Estudios Tropicales (OET, 1988), la vida silvestre asentada en el área de estudio, esta representada por 405 especies de avifauna, de las cuales, 50 especies son acuáticas y propias de habitats relacionados con humedales. Entre ellas se destacan por su funcionalidad y trascendencia: el águila pescadora (Pandion haliaetus), carpinteros (Picumnus olivaceus, Dryocopus lineatus, Malanerpes rubricapillus), colibríes (Amazillia tzacalt, Heliothyx barroti), cormorán (Phalachrocorax olivaceus), espátula rosada (Platalea ajaja), galán sin ventura (Jabyru mycteria), garcilla verde (Butorides virescens), garzas (Ardea herodias, Casmerodius albus, Egretta thula), garzón (Mycteria americana), gavilanes (Buteo platipterus Buteo magnirostria, Buteogallus anthracinus), ibis blanco (Eudocimus albus), martín pescador (Chloroceryle americana), pato candil (Heliothis fulica) y el piche (Dendrocygna autumnalis).

En cuanto a mamíferos, se ha reportado la presencia de 160 especies, de las cuales, 60 especies son terrestres y 90 especies de murciélagos. Entre las terrestres destacan, el chancho de monte (Tayassu pecari), jaguar (Phantera onca), mapache (Procyon lotor), pizote (Nasua narica), puma (Felis concolor), puerco espín (Coendon mexicanus), saíno (Tayassu tajacu), tepezcuintle (Agouti paca), venado cola blanca (Odocoileus virginienus) y zorros (Didelphis marsupialis, Chironectes panamensis, Philander opossum). Especies que en su mayoría dependen de corredores de vegetación para transitar por el área.

Se incluye además la identificación de 60 especies de reptiles, entre ellos el caimán (Caiman crocodilus chiapasius), así como tortugas, garrobos, lagartijas y culebras. También se incluyen 49 especies de anfibios y 4731 especies de insectos.
La ictiofauna comprende 25 especies de peces, destacándose los cuatro de valor comercial, pertenecientes a la familia CICHLIDAE y LEPISOSTEIDAE. Sábalo real (Megalops atlanticus), el róbalo (Centropomus pectinatus), el roncador (Pomadasys sp) y el gaspar (Atractosteus tropicus). ..." (Solano 2003)